В области научной деятельности института выделены следующие основные задачи:

• сохранение и развитие научных школ «Агрохимия», «Агропочвоведение, агрофизика», «Земледелие», «Растениеводство» «Защита растений», «Органическая химия», «Садоводство», «Технологии продуктов функционального назначения», «Репродуктивная биология растений», «Лесное дело», «Ландшафтная архитектура»,
• разработка наукоемких проектов в интересах сельского хозяйства, экологии и экономики,
• обеспечение связи научных исследований и учебного процесса и усиление влияния науки на решение образовательных и воспитательных задач;
• повышение уровня профессиональной подготовки студентов, магистрантов, аспирантов и подготовка работников высшей квалификации;
• поддержка и стимулирование научно-исследовательских работ по приоритетным направлениям развития науки в Российской Федерации;
• выполнение совместно с другими ВУЗами, научными учреждениями, научными организациями и предприятиями всех форм собственности, научных исследований, обеспечивающих социально-экономическое развитие Пермского края;
• содействие развитию международного научного сотрудничества с целью вхождения в мировую систему науки и совместной разработки научной продукции.

В рамках научной деятельности студенты, аспиранты и преподаватели института осуществляют:

• разработку перспективных направлений научных исследований, а также тематических планов научных работ;
• обеспечение выполнения планов научно-исследовательских работ, качество и практическую направленность проводимых исследований;
• активное участие в конференциях различного уровня, конкурсах на получение грантов, которые проводятся в рамках реализации федеральных целевых и ведомственных программ и иных программ, а также в рамках фондов поддержки научной деятельности;
• создание творческих коллективов (состоящих из штатных работников, студентов, аспирантов и т.д.), в том числе с привлечением специалистов из других организаций;
• необходимую научно-методическую помощь организациям всех форм собственности в практическом применении ими результатов исследований и разработок Института;
• проведение совместных международных семинаров и деловых встреч;
• публикацию результатов проведенных исследований совместно с зарубежными учеными;
• издание и распространение научной, учебной и методической литературы, в том числе содержащей результаты научной деятельности Института;
• поддержку и развитие своей научно-исследовательской и материально-технической базы.

Научный потенциал института фундаментальных и прикладных агроэкобиотехнологий и лесного хозяйства представлен 8 докторами наук и 70 кандидатами наук. В научно-исследовательской работе принимают участие преподаватели, аспиранты и студенты. Научные исследования охватывают широкий спектр проблем по приоритетным направлениям, прошедших госрегистрацию.

Высокий научный и творческий потенциал института фундаментальных и прикладных агроэкобиотехнологий и лесного хозяйства позволяет предложить производству для реализации целый ряд научных разработок, для сельскохозяйственных предприятий учёными Института предлагается 12 инновационных разработок и более 70 видов услуг.

Выполнение заказов на научные исследования, разработки, реализация посадочного материала осуществляется через учебно-научные центры института: УНЦ Центр технологий и экспертиз «Агроэкобиохим», УНЦ «Липогорье», УНЦ «Экологии и морфофизиологии медоносной пчелы».

В институте ведется подготовка кадров высшей квалификации в аспирантуре по 7 научным направлениям: «Органическая химия», «Почвоведение»,  «Общее земледелие и растениеводство», «Селекция, семеноводство и биотехнология растений»,  «Агрохимия, агропочвоведение, защита и карантин растений», «Садоводство, овощеводство, виноградарство и лекарственные культуры», «Мировая экономика».

Результаты научных исследований публикуются в ведущих периодических изданиях, среди которых «Агрохимия», «Агрохимический вестник», «Аграрный вестник Урала», «Аграрная наука Евро-Северо Востока», «ИнтерКарто. ИнтерГИС», «Бутлеровские сообщения», «Достижения науки и техники АПК», «Журнал органической химии», «Проблемы агрохимии и экологии», «Пчеловодство», «Известия Самарской ГСХА», «Нива Поволжья», «Почвоведение», «Плодородие», «Экология и промышленность России», «Известия вузов. Химия и химические технологии», «Пермский аграрный вестник», «Russian Journal of In Organic Chemistry», «Ученые записки Казанского университета», «Eurasian Soil Science», «Eurasian Journal of Soil Science», «Journal of the Institute of Science and Technology», «Industrial Journal Organic Chemistry» «Russian Agricultural Science», «Studies on Russian Economic Development», «Soil-Water Journal», «World Applied Sciences Journal», ежегодно докладываются на всероссийских и международных конференциях, оформляются в виде выпускных квалификационных работ, кандидатских и докторских диссертаций. Научные разработки в области получения удобрений, синтеза и применения новых стимуляторов роста и средств защиты растений имеют патенты на изобретение.

Институт осуществляет международное научное сотрудничество в области почвоведения, агрохимии с Ondokuz Mayis University (Турция), Brandenburg University of Technology Cottbus-Senftenberg (Германия), University of Valencia (Испания), Igdir University (Турция), Azerbaijan National Academy of Sciences (ANAS) (Азербайджан) и другими. Вместе с тем, факультет сотрудничает с российскими научными и научно-исследовательскими учреждениями: ПФИЦ УрО РАН Пермский НИИСХ, Уральский НИИСХ (г. Екатеринбург); ФГБУ «Уральский государственный научно-исследовательский институт региональных экологических проблем» (г. Пермь); ФГБУН Институт почвоведения и агрохимии СО РАН (г. Новосибирск); Естественнонаучный институт ПГНИУ; ОАО «Межотраслевой научно-исследовательский и проектно-технологический институт экологии топливно-энергетического комплекса»; Научно-исследовательское, проектное и производственное предприятие по природоохранной деятельности ООО «Недра», ФГБУ «Государственный заповедник «Басеги» и другими.