История музеев берет свое начало с формирования в 1924 году при Пермском государственном университете кафедры анатомии и физиологии, под руководством доцента Е.С. Данини. Были выварены и собраны первые скелеты коровы (1927-28 гг.). Сделаны первые сухие препараты: почки, сердца, легкого, матки, селезенки. Студенты работали с муляжами.

В 1960-70 годы, при заведовании кафедрой профессором В.К. Бирих, занятия по дисциплинам анатомия, физиология, ветеринария хорошо обеспечивались наглядными пособиями и натуральными объектами изучения. Выварен и собран скелет коровы «Аиды» - рекордистки по удою молока с конезавода №9, скелет лошади.

При заведовании кафедрой профессора С.Б. Грожевской с 1970 по 90 годы материал по курсу анатомии с/х животных интенсивно пополнялся. Под руководством доцента С.И. Окуловой собраны скелеты козы и коровы. Сделаны влажные препараты внутренних органов различных с/х животных.

Материал в зоологическом музее частично был приобретен через государственную сеть магазинов «Наглядные пособия». Большой вклад в подборе музейных экспонатов был внесен старшим  преподавателем Л.П. Быковой. Под ее руководством были привезены из экспедиций экспонаты с Дальнего востока (кораллы, морские ежи, морские звезды, камчатский краб, жерлянка краснобрюхая, рыбы), с Прибалтики (летучие мыши, губки, лягушка сибирская, монгольская жаба, щитомордник), из Амурской области (круглоротые, амурская долгохвостка, трипанги), с Карпат (влажные препарат агамы, квакши обыкновенной), с Чукотки (бивень моржа), с Магадана (ус кита), из Узбекистана (сухой препарат агамы), с острова Хана-Кетси Балтийского моря (различные яйца птиц).

Основные виды животных (лягушка травяная, чесночница, гадюка, гюрза, жаба серая) собраны на территории Пермской области, Камского водохранилища, р. Бабки и Пермского зоопарка.

В связи с увеличением количества пополняемых экспонатов, появилась необходимость организации зоологического и анатомического музеев.

После открытия зооветеринарного факультета в 1992 году при активном участии зав. каф. ветеринарии доцента Г.Г. Ложкиной, старшего преподавателя Л.П. Быковой в 1994 году были организованны данные музеи. Начинается оформление музейных комнат: отремонтированы витрины, этикетирован экспонатный материал и влажные препараты. Восстановлены скелеты голубей, крота, лягушки. За время с 1994-96 гг. были приведены в порядок 241 влажный препарат по зоологии и 86 препаратов по анатомии. Во время летней практики под руководством доцента С.И. Окуловой и зав. музеями А.Е. Бородулиной, вместе со студентами I курса были сделаны 52 влажных препарата (материал взят с Пермского мясокомбината и учхоза «Липовая гора»).

В 1996-97 учебном году на кафедре ветеринарии открывается две новых дисциплины: патологическая анатомия и паразитология. Под руководством старшего преподавателя Н.В. Бобриковой, старшего преподавателя Н.Г. Кабаровой и зав. музеями А.Е. Бородулиной изготовлены 33 влажных препарата. Материал был привезен с мясоконтрольной станции Центрального Рынка г.Перми и частных хозяйств студентов V курса (препараты остались на дисциплинах в учебных кабинетах).

Были сделаны влажные препараты по акушерству (8 шт.), биотехнологии разведения (4 шт.), зоологии (13 шт.).

В период с 1998-99 учебный год при заведовании кафедрой В.М. Аксеновой, под руководством старшего преподавателя В.В. Семенова, зав. музеями А.Е. Бородулиной и студентами I и II курсов были сделаны влажные препараты в количестве 19 шт. Выварены черепа свиней, лося. Собран экспонат стопы свиньи.

В 1999-2000 году в период летней практики студентов I курса под руководством старшего преподавателя Н.М. Шаламовой и ассистента Н.Б. Леонтьевой зоологический музей пополнился 18 влажными препаратами, дополнен материал по моллюскам, червям, земноводным. Анатомический музей обогатился 17 влажными препаратами и 20 скелетами мелких животных (кошки, песцы, кролики, морская свинка). Собраны скелеты поросенка и козы. Оформлены планшеты по скелету кролика и свиньи. При активном участии студентов выварены черепа куницы, лисицы, песца, кролика, зайца, кошки, свиньи.

В настоящее время в зоологическом музее общее количество экспонатов более 600, из них влажных около 450. Материал систематизирован  по темам: губки, кишечнополостные, черви, паукообразные, моллюски, ракообразные, иглокожие, рыбы, птицы, земноводные, и млекопитающие. При помощи студентов сделаны чучела двух белок и куницы (студенты Чазов П., Волков В.).

Общее количество анатомических препаратов составляет более 450 экземпляров, скелетов более 66, влажных препаратов 182, черепов более 10 видов, сухих препаратов около 50.

Музеи организованны для просветительской, методической, информационной деятельности студентов и преподавателей академии, а так же для проведения научных конференций внутри вуза.

В пополнении фонда музейных препаратов большой вклад вносят студенты факультета ветеринарной медицины под руководством преподавателей кафедры, таких как В.В. Семенов, Н.Б. Никулина, С.В. Гурова, Е. А. Доронин-Доргелинский, Н. М. Шаламова. Материал для изготовления музейных препаратов берется с подсобных, частных хозяйств Пермского края, учхоза Липовая Гора, Пермского мясокомбината, ипподрома, зоопарка, цирка.

В анатомическом музее проводятся лабораторные занятия по дисциплинам Анатомия домашних животных и Морфология для студентов факультета ветеринарной медицины и зоотехнии, а для студентов других факультетов проводятся экскурсии.

Зоологический музей используется для проведения учебного процесса по курсу Зоология, Рыбоводство, Болезни декоративных и экзотических животных.